珠寶店的超音波機不是每種寶石都可以使用，很多人以為要用超聲波機清洗才會乾淨，卻忘了祖母綠、丹泉石(坦桑石)、蛋白石、橄欖石等較為嬌貴的寶石是不適用超聲波機，尤其是祖母綠會因為震動而有受損的危機；而清潔液容易滲進珍珠、蛋白石等，使寶石失去光彩。超聲波適合清潔鑽石、紅藍寶石等比較堅固的寶石或金屬，但是微鑲鑽石也不適合常常用超聲波，因為鑽石震動容易敲擊金屬鑲爪，久了鑽石容易掉。其實還是最簡單的中性清潔劑，搭配軟毛刷是最安全也是最方便的清潔方法。
酸性化學物質，如香水、防曬乳、化妝品、髮膠、汗水、去光水、漂白劑、清潔劑、溫泉、酸性調味醬、醋等，因為都具有腐蝕性，尤其碰到有機寶石(珊瑚、珍珠、象牙、琥珀)，會侵蝕溶解寶石表面，使其失去光澤受損。尤其要注意汗水也是酸性的，這些寶石都要在配戴之後，用飲用水清洗乾淨。千萬避免自來水，因為自來水中含有氯，也會侵蝕寶石。
高溫(熱)，如激烈的溫度變化、乾度濕度變化，會使寶石受到劇烈的熱漲冷縮，而有受損的危機，例如祖母綠、丹泉石(坦桑石)；過度乾燥會使含水份的寶石，因為脫水而受損，例如蛋白石；熱會使寶石內部產生變化，即使是最堅硬的鑽石，碰到火燒也會產生白霧狀的表面，需透過拋磨才能恢復原光澤。
碰撞、撞擊，寶石的硬度目前是使用莫氏硬度來測量彼此可以刻劃的能力，也就是硬度高的可以刻劃硬度低的，例如紅寶石(硬度9)可以刻劃水晶(硬度7)、玻璃(硬度5)可以刻劃珍珠(硬度2.5~4)的概念，而鑽石可以刻劃任何寶石。所以，寶石互相碰撞，掉到地上，或是撞到尖銳物品、尖銳桌角、車門尖銳處，都有可能使寶石受傷，即使是鑽石也會因為跟鑽石碰撞而受損。因此，不同的寶石應該要分開收藏，避免彼此碰撞。
需要特別留意一點，空氣中的沙塵大約硬度在7，會刻劃比它硬度低的物質，如丹泉石(坦桑石)、蛋白石、珍珠、琥珀、珊瑚、翡翠、玻璃等，擦拭前請先用清水沖洗，把灰塵沖掉再擦拭，避免劃傷。祖母綠雖然硬度在8，但是也非常容易受灰塵中較硬物質劃傷。
